Sein Herz aber gehörte immer der Aquaristik: Eine Kreiselpumpe mit Magnetkupplung, die für einen Modell-Springbrunnen eingesetzt wurde, war die Grundlage für die Erfindung eines Außenfilters. Der erste sogenannte Saugfilter ging dann 1963 in die Serienproduktion. Das Funktionsprinzip ist bis heute bei den Eheim-Filtern der „Classic“-Baureihe gleich geblieben.
1993 übernahm Eheim das Unternehmen MP-Aquarien (Müller und Pfleger) in Rockenhausen und stieg damit in die Herstellung von Glasaquarien ein. 2003 schließlich folgte die Übernahme der Eugen Jäger GmbH in Wüstenrot, ein führender Hersteller für Heizstäbe in Aquarien. Gunther Eheim selbst begleitete und leitete die Geschicke seiner Firmengruppe stets an vorderster Front. Selbst im hohen Alter von 90 Jahren ließ er es sich nicht nehmen, noch persönlich auf der Interzoo dabei zu sein. Mit Gunther Eheim verliert die Heimtierbranche einen Wegbereiter, Innovator und Visionär.